直到嘉靖三年，经工部尚书上奏廷议，决定裁撤长乐和龙江两大船厂，将其下属所剩的十八个分厂完全并入清江船厂，与清江原来辖下的京卫、中都、直隶三大厂并列。
这，便是如今这个规模极大的清江督造船厂的由来。
也是在嘉靖一朝以后，大明彻底放弃远洋海船的建造，全部的战船都选取内河漕船，水师力量也开始停滞不前。
清江督造船厂一跃成为唯一的国营漕运造船厂，其他地方造船厂，虽仍归属地管理，但计料修造，都要受清江督造总厂监管指导。
天启初年，朱由校信任权阉魏忠贤为首的阉党，以酷吏取代只会纸上谈兵的东林诸党。
作为全国最大且唯一的国营漕运造船厂，清江督造船厂自然为阉党所重视。
早在天启二年，魏忠贤便派遣心腹太监前往清江任提督，东厂厂役也在清江督造船厂各地的分厂坐班。
阉党插手以后，漕运制度日渐完善稳定。
到天启九年春，工部上奏，额定天下各地水师战船，船数总计一万一千七百余艘，漕军在十二万人上下。
这其中以内河漕船为多，仅登莱水师有成建制的远洋船队，便是在登莱造船厂建造的三桅炮船约五百余艘。
这一万多艘战船，便是大明全部的海军力量，由清江船厂监制统辖的船只便有六千八百余艘，接近总额六成！
根据魏忠贤上奏称，在天启三年至天启九年这六年间，由于东厂的监管，清江督造船厂的战船质量有明显提升，每年实造船只数量大体稳定，年均五百艘上下。
这就是现在大明航海业的全部实力。
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